정부에서 국립대 한의과대학 설립을 검토하고 있는 것과 관련, 청주대가 사립대를 차별한다며 발끈하고 나섰다. 청주대는 지난 16일 성명서를 통해 "정부가 국립대에만 한의대 설립을 검토하는 것은 경쟁을 통한 대학발전이라는 정부의 정책을 스스로 어기는 것일뿐 아니라 사립대에 대한 차별로 마땅히 시정돼야 한다"며 "만일 한의과대학 설립을 인가할 경우 참여정부의 분권화 정책에 걸맞게 지방대학에 허용해야 한다"고 말했다. 

따라서 지난 77년부터 한의대 설립을 위해 부지와 예산을 확보해 온 것으로 알려진 청주대는 교육인적자원부에 2004학년도 한의과대학 설립 인가를 신청했다. 의과대학이 있는 충북대와 균형발전을 이루고 부지와 건축비, 운영예산 등을 확보한 청주대에 한의과대학 설립을 허가해야 한다는 것이 이들의 주장이다.