충주캠퍼스가 통합 출범 후 안정적으로 자리를 잡아가고 있는 반면 증평캠퍼스는 아직 혼란을 겪고 있다. 증평캠퍼스의 혼란은 캠퍼스 진입로의 서있는 간판에서부터 엿볼 수 있다. 진입로에는 통합 후 세워진 국립충주대학교 명판과 국립청주과학대학의 간판이 함께 세워져 있다. 사연인즉 청주과학대가 충주대화 통합을 했지만 청주과학대 2005학년도 입학생까지는 충주대학생으로 편입되지 못하기 때문이다. 같은 이유로 김봉숙 충주대 보건생명항공대학 학장은 청주과학대 학장직을 겸임하고 있다.

충주대 증평캠퍼스는 기존 청주과학대 학과인 간호학과, 물리치료학과, 전문응급구조학과, 노인보건복지학과와 충주캠퍼스에서 옮겨간 식품생명공학부, 항공기계설계학과가 운영되고 있다. 충주대 관계자는 “국립대학의 경우 사립대학처럼 교칙이나 구성원의 협의로 학생들의 편입이 결정되는 것이 아니라 법령에 의해 정해지기 때문에 임의로 결정할 수 없다”고 설명했다. 다시 말해 통합 출범이전인 2005학년도 청주과학대 입학생까지는 청주과학대 졸업생이 된다. 3년 과정인 간호과, 물리치료과 입학생이 정상적으로 졸업하는 2008년 2월 졸업생까지는 청주과학대 졸업장을 받게 된다.

이러한 이유로 청주과학대 재학생 가운데 20% 정도가 휴학을 하는 초유의 사태가 빚어졌다. 청주과학대와 충주대는 개별적인 대학이기 때문에 청주과학대 졸업생이라고 해도 충주대 편입에 아무런 혜택을 받을 수 없다는 것이 관계자의 설명이다. 하지만 2008년 2월까지 졸업하지 않은 학생들은 자동적으로 충주대학생이 되기 때문에 휴학생이 늘어난다는 것이다.

청주과학대는 충주대와 통합됐지만 2008년까지 졸업생을 배출하며, 청주과학대 이름도 2008년까지는 유지하게 된다.